Что делать со штрафом за один день просрочки, если основной долг погашен?

Добрый день.

В вашем случае нужно обратиться к положениям договора. Если в договоре ничего не сказано об очередности погашения задолженности, то работает ст. 319 ГК РФ:

Сумма произведенного платежа, недостаточная для исполнения денежного обязательства полностью, при отсутствии иного соглашения погашает прежде всего издержки кредитора по получению исполнения, затем — проценты, а в оставшейся части — основную сумму долга.

Из этого следует, что денежная сумма, поступившая от вас, может быть направлена кредитором изначально на погашение пени и штрафа, а оставшаяся сумма — уже в счет уплаты основного долга. Таким образом, часть основного долга может остаться за вами. На оставшуюся сумму кредитор, в рамках договора, вправе начислить проценты и пеню.

Рекомендую запросить выписку по счету, отражающую все ваши оплаты.